Centrifuges verschillen vooral in rotor, capaciteit en maximale kracht. Voor kleine monstervolumes volstaat vaak een compacte microcentrifuge. Die gebruikt doorgaans buizen van 0,2 tot 2,0 ml. Een tafelmodel met verwisselbare rotor biedt meer ruimte voor verschillende buisformaten en past beter bij wisselende protocollen. Vastehoekrotoren werken snel. Zwenkrotoren houden buizen tijdens het draaien vrijwel horizontaal, waardoor sediment gelijkmatiger neerkomt bij dichtheidsgradiënten.
Kies een koelmodel wanneer temperatuurgevoelige monsters langere runs vragen. Koeling beperkt opwarming door luchtwrijving en beschermt bijvoorbeeld enzymen, eiwitten of cellysaten tegen kwaliteitsverlies. Voor eenvoudige scheidingen is dat meestal overbodig. Let ook op de beschikbare plek, omdat een hoge vloercentrifuge andere eisen stelt aan opstelling en bediening. Past geen type bij je protocol, dan is het bredere aanbod laboratoriumapparatuur logischer. Vergelijk daarom steeds buizen, rotor en gewenste scheidingsmethode.