Microscopen kies je op basis van preparaat en gewenste vergroting. Een stereomicroscoop toont een object ruimtelijk bij lage vergrotingen. Een samengestelde lichtmicroscoop werkt beter voor dunne coupes op een objectglaasje. Daardoor verschillen ook verlichting en werkafstand. Voor bacteriën, cellen of kristallen heb je doorgaans een hogere vergroting nodig, terwijl insecten, mineralen en printplaten vrije ruimte onder het objectief vragen.
Bepaal eerst of je naar het oppervlak of door het preparaat kijkt. Doorvallend licht schijnt van onderen door transparant materiaal. Opvallend licht belicht het oppervlak van bovenaf. Een dubbel systeem is handig wanneer je beide soorten werk afwisselt, omdat je dan minder van opstelling wisselt. Past geen van deze vormen bij je werk, dan is het bredere aanbod Laboratoriumapparatuur logischer. Zo voorkom je een verkeerde basiskeuze.